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Enregistrement W4200317110 · doi:10.1038/s41398-021-01736-6

Association of low-frequency and rare coding variants with information processing speed

2021· article· en· W4200317110 sur OpenAlexafffund
Jan Bressler, Gail Davies, Albert V. Smith, Yasaman Saba, Joshua C. Bis, Xueqiu Jian, Caroline Hayward, Lisa R. Yanek, Jennifer A. Smith, Saira Saeed Mirza, Ruiqi Wang, Hieab H.H. Adams, Diane M. Becker, Eric Boerwinkle, Archie Campbell, Simon R. Cox, Guðný Eiríksdóttir, Chloe Fawns‐Ritchie, Rebecca F. Gottesman, Megan L. Grove, Xiuqing Guo, Edith Hofer, Sharon L. R. Kardia, Maria J. Knol, Marisa Koini, Oscar L. López, Riccardo E. Marioni, Paul Nyquist, Alison Pattie, Ozren Polašek, David J. Porteous, Igor Rudan, Claudia L. Satizábal, Helena Schmidt, Reinhold Schmidt, Stephen Sidney, Jeannette Simino, Blair H. Smith, Stephen T. Turner, Sven J. van der Lee, Erin B. Ware, Rachel A. Whitmer, Kristine Yaffe, Qiong Yang, Wei Zhao, Vilmundur Guðnason, Lenore J. Launer, Annette L. Fitzpatrick, Bruce M. Psaty, Myriam Fornage, M. Arfan Ikram, Cornelia M. van Duijn, Sudha Seshadri, Thomas H. Mosley, Ian J. Deary

Notice bibliographique

RevueTranslational Psychiatry · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensHealth Sciences CentreUniversity of TorontoSunnybrook Health Science Centre
Organismes subventionnairesInstitute of GeneticsNational Human Genome Research InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteMedical Research CouncilEU Joint Programme – Neurodegenerative Disease ResearchJohns Hopkins Bloomberg School of Public HealthAmsterdam NeuroscienceUniversity of Texas Health Science Center at HoustonMedizinische Universität GrazOesterreichische NationalbankHjartaverndSchool of Public Health, University of Texas Health Science Center at HoustonMinistarstvo Znanosti, Obrazovanja i SportaSchool of Public Health, University of MichiganUniversity of OxfordUniversity of DundeeJohns Hopkins UniversityUniversity of WashingtonNational Institute on AgingCentre for Cognitive Ageing and Cognitive EpidemiologySchool of Medicine, Boston UniversityUniversity of TorontoKaiser PermanenteHáskóli ÍslandsNational Institute of Neurological Disorders and StrokeDepartment of Medicine, University of TorontoUniversity of PittsburghAustrian Science FundNational Institutes of HealthKarl-Franzens-Universität GrazU.S. Department of Health and Human Services
Mots-clésDigit symbol substitution testHeritabilityCohortGenotypingMedicineGeneticsBiologyInternal medicineGenotypeGenePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Measures of information processing speed vary between individuals and decline with age. Studies of aging twins suggest heritability may be as high as 67%. The Illumina HumanExome Bead Chip genotyping array was used to examine the association of rare coding variants with performance on the Digit-Symbol Substitution Test (DSST) in community-dwelling adults participating in the Cohorts for Heart and Aging Research in Genomic Epidemiology (CHARGE) Consortium. DSST scores were available for 30,576 individuals of European ancestry from nine cohorts and for 5758 individuals of African ancestry from four cohorts who were older than 45 years and free of dementia and clinical stroke. Linear regression models adjusted for age and gender were used for analysis of single genetic variants, and the T5, T1, and T01 burden tests that aggregate the number of rare alleles by gene were also applied. Secondary analyses included further adjustment for education. Meta-analyses to combine cohort-specific results were carried out separately for each ancestry group. Variants in RNF19A reached the threshold for statistical significance ( p = 2.01 × 10 −6 ) using the T01 test in individuals of European descent. RNF19A belongs to the class of E3 ubiquitin ligases that confer substrate specificity when proteins are ubiquitinated and targeted for degradation through the 26S proteasome. Variants in SLC22A7 and OR51A7 were suggestively associated with DSST scores after adjustment for education for African-American participants and in the European cohorts, respectively. Further functional characterization of its substrates will be required to confirm the role of RNF19A in cognitive function.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,178
Score d'incertitude au seuil0,226

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,212
Écart entre enseignants0,207 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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