Methylation risk scores for childhood aeroallergen sensitization: Results from the LISA birth cohort
Notice bibliographique
Résumé
Background It has been hypothesized that epigenomic modifications such as genomic methylation changes are an intermediate step linking environmental exposures with allergic disease development. Associations between individual DNA methylation CpG sites and allergic diseases have been reported, but they have not been assessed regarding their joint predictive capability. Methods Data were obtained from 240 children of the German LISA cohort. Blood-based DNA methylation was measured at six and ten years. Aeroallergen sensitization, at least RAST class 1, was measured in blood at six, ten and 15 years. We calculated six methylation risk scores (MRS) for allergy-related phenotypes based on available publications and assessed their performance both cross-sectionally and prospectively. Dose-response associations between aeroallergen sensitization and MRS, their correlation and mapping of common hits were evaluated. Results All six atopy-related MRS were highly correlated (r>0.86) and seven CpGs were included in more than one MRS. Cross-sectionally, we observed an 80% increased risk for aeroallergen sensitization at six years with an increased risk score by one standard deviation (best MRS: relative risk = 1.81, 95% confidence interval = [1.43; 2.27]). Significant associations were also seen at ten years and in prospective models, though the effect of the latter was attenuated when only including participants not sensitized at baseline. A clear dose-response relationship with RAST classes of aeroallergen sensitization could be established cross-sectionally, but not prospectively. Conclusion We found good classification and prediction capabilities of calculated allergy-related MRS, particularly cross-sectionally for the allergy prevalence, underlining the relevance of altered gene-regulation in allergic diseases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».