The occurrence of potentially pathogenic fungi and protists in Canadian lakes predicted using geomatics, in situ and satellite-derived variables: Towards a tele-epidemiological approach
Notice bibliographique
Résumé
Eukaryotic pathogens including fungi and enteroparasites infect humans, animals and plants. As integrators of landscape catchment, lakes can reflect and record biological and geochemical events or anthropogenic changes and provide useful knowledge to formulate public health, food security and water policies to manage and prevent diseases. In this context, potentially pathogenic fungi and parasites were sampled using 18S rRNA gene amplicon sequencing in 382 lakes displaying a broad range of sizes and human impact on the watershed in 10 ecozones across Canada. Based on pathogen classifications from the ePATHogen database published by the Public Health Agency of Canada, we identified 23 health-relevant genera for human and animal hosts, including Cryptococcus and Cryptosporidium. Our study investigated the potential of remote sensing and geomatics to predict microbial contamination in a tele-epidemiological approach. We used boosted regression tree modeling to evaluate the probability of occurrence of the most common genera found in our dataset based on 10 satellite-derivable, geomatics and field survey variables which could be potential sources or transport mechanisms through the watershed or survival factors in the water. We found that southern ecozones that possess the highest agricultural and pasture activities tend to contain lakes with the largest number of potential pathogens including several fungi associated with plant diseases. Bio-optical factors, such as colored dissolved organic matter, were highly related to the occurrence of the genera, potentially by protecting against damage from ultraviolet light. Our results demonstrate the capability of tele-epidemiology to provide useful information to develop government policies for recreational and drinking water regulations as well as for food security.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».