Variation in Plastome Sizes Accompanied by Evolutionary History in Monogenomic Triticeae (Poaceae: Triticeae)
Notice bibliographique
Résumé
To investigate the pattern of chloroplast genome variation in Triticeae, we comprehensively analyzed the indels in protein-coding genes and intergenic sequence, gene loss/pseudonization, intron variation, expansion/contraction in inverted repeat regions, and the relationship between sequence characteristics and chloroplast genome size in 34 monogenomic Triticeae plants. Ancestral genome reconstruction suggests that major length variations occurred in four-stem branches of monogenomic Triticeae followed by independent changes in each genus. It was shown that the chloroplast genome sizes of monogenomic Triticeae were highly variable. The chloroplast genome of Pseudoroegneria, Dasypyrum, Lophopyrum, Thinopyrum, Eremopyrum, Agropyron, Australopyrum, and Henradia in Triticeae had evolved toward size reduction largely because of pseudogenes elimination events and length deletion fragments in intergenic. The Aegilops/Triticum complex, Taeniatherum, Secale, Crithopsis, Herteranthelium, and Hordeum in Triticeae had a larger chloroplast genome size. The large size variation in major lineages and their subclades are most likely consequences of adaptive processes since these variations were significantly correlated with divergence time and historical climatic changes. We also found that several intergenic regions, such as petN–trnC and psbE–petL containing unique genetic information, which can be used as important tools to identify the maternal relationship among Triticeae species. Our results contribute to the novel knowledge of plastid genome evolution in Triticeae.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».