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Enregistrement W4200413446 · doi:10.1101/2021.12.19.21268038

Bounding the levels of transmissibility & immune evasion of the Omicron variant in South Africa

2021· preprint· en· W4200413446 sur OpenAlex
Carl A. B. Pearson, Sheetal Silal, Michael Li, Jonathan Dushoff, Benjamin M. Bolker, Sam Abbott, Cari van Schalkwyk, Nicholas G. Davies, Rosanna C. Barnard, W. John Edmunds, Jeremy Bingham, Gesine Meyer‐Rath, Lise Jamieson, Allison Glass, Nicole Wolter, Nevashan Govender, Wendy Stevens, Lesley Scott, Koleka Mlisana, Harry Moultrie, Juliet R.C. Pulliam

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSARS-CoV-2 and COVID-19 Research
Établissements canadiensMcMaster UniversityPublic Health Agency of Canada
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilSouth African Medical Research CouncilForeign, Commonwealth and Development OfficeNational Research FoundationNational Institute for Health and Care ResearchNational Institute for Health Research Health Protection Research UnitDepartment of Science and Innovation, South AfricaWellcome TrustNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaEuropean CommissionBill and Melinda Gates Foundation
Mots-clésTransmissibility (structural dynamics)Evasion (ethics)Bounding overwatchEpidemiologyImmune systemBiologyVirologyComputer scienceImmunologyMedicinePhysicsArtificial intelligencePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract A new SARS-CoV-2 variant of concern, Omicron (B.1.1.529), has been identified based on genomic sequencing and epidemiological data in South Africa. Presumptive Omicron cases in South Africa have grown extremely rapidly, despite high prior exposure and moderate vaccination coverage. The available evidence suggests that Omicron spread is at least in part due to evasion of this immune protection, though Omicron may also exhibit higher intrinsic transmissibility. Using detailed laboratory and epidemiological data from South Africa, we estimate the constraints on these two characteristics of the new variant and their relationship. Our estimates and associated uncertainties provide essential information to inform projection and scenario modeling analyses, which are crucial planning tools for governments around the world. One Sentence Summary We report a region of plausibility for the relative transmissibility and immune escape characteristics of the SARS-CoV-2 Omicron variant estimated by integrating laboratory and epidemiological data from South Africa.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,364
Score d'incertitude au seuil0,554

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,101
Tête enseignante GPT0,349
Écart entre enseignants0,249 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle