Abstract LBA029: Development of computational tools for evaluating differential protein expression relative to spatial oxygen gradients using imaging mass cytometry
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The solid tumor microenvironment is highly heterogeneous, conferring numerous differences in tumor cell gene expression and phenotype. One predominant driver of this heterogeneity is variable oxygenation. Low oxygen, termed hypoxia, has been shown to increase metastasis, radiation resistance, and lead to an overall poor patient prognosis. Characterizing hypoxia in patients can be used to personalize an adjuvant therapy targeting resistant hypoxic cell populations, which may otherwise survive conventional therapies. Because of the spatial heterogeneity intrinsic to hypoxia, current approaches to measure hypoxia, such as using polarographic oxygen electrodes, may underestimate the severity of hypoxia. Endogenous markers such as CA9 and VEGFA provide some semblance of evaluating hypoxia, however expression of such markers is not always solely driven by oxygenation. Multiple markers in tandem may prove to be a more reliable metric for evaluating hypoxia than individual markers alone. Here, we present an open-source collection of QuPath and Python scripts for analyzing differential protein expression relative to hypoxia gradients for imaging mass cytometry (IMC) data. IMC enables highly multiplexed imaging of tissue sections at the single cell resolution, with no spectral overlap of immunohistochemical markers. This is achieved through substitution of fluorophores with unique isotopes of heavy metals, and a mass spectrometer in place of a conventional fluorescent microscope. Previous work in our lab has identified 17 markers with extensive heterogeneity in clinical glioblastoma multiforme (GBM) patient samples. Pimonidazole, an exogenous hypoxia probe, has been administered to these patients, and is detectable through immunohistochemical techniques such as IMC. Serving as our ground truth for hypoxia, we conduct a differential gene expression analysis across regions of relative hypoxia for all markers in our panel, using a variety of supervised and unsupervised tools available in the open-source digital pathology platform QuPath, and through custom data visualization and statistical analysis tools built in Python. As such, we present an end-to-end image analysis workflow for evaluating hypoxia-regulated differential protein expression of clinical GBM cases imaged through IMC. This method is applicable for evaluating differential gene expression across multiple disease sites, multiplexed imaging modalities, and histomorphological regions of interest. Such computational methods enable high throughput biomarker discovery, while also being used to elucidate novel oxygen-dependent biological pathways. Citation Format: Mark Zaidi, Phoebe Lombard, Sheila Mansouri, Gelareh Zadeh, Trevor D McKee, Bradly G Wouters. Development of computational tools for evaluating differential protein expression relative to spatial oxygen gradients using imaging mass cytometry [abstract]. In: Proceedings of the AACR-NCI-EORTC Virtual International Conference on Molecular Targets and Cancer Therapeutics; 2021 Oct 7-10. Philadelphia (PA): AACR; Mol Cancer Ther 2021;20(12 Suppl):Abstract nr LBA029.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,019 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».