The LOTUS initiative for knowledge sharing in Natural Products research
Notice bibliographique
Résumé
With the recent explosion of information, Natural Products (NP) research critically needs efficient ways to access and share knowledge, also to save precious knowledge being lost [ 1 ]. The reporting and sharing of NP occurrences in biological organisms are relevant to numerous scientific fields ranging from drug discovery to chemical ecology or chemotaxonomy. Through the LOTUS initiative, we aim to offer better knowledge sharing in NP research. We established a data harmonization, curation, and validation pipeline to gather and appropriately document structure-organism pairs. These pairs are then shared through the Wikidata platform. Wikidata is particularly indicated for the sharing of knowledge in life sciences as demonstrated in [ 2 ]. We made 700,000+referenced structure-organism pairs available on Wikidata. As an example, it is, now possible to retrieve biological organisms containing chemical compounds described as anti-infective ( https://w.wiki/vo9 ). This offers exciting perspectives, linking information gained over different, sometimes disconnected, fields of investigation. Publication History Article published online: 13 December 2021 © 2021. Thieme. All rights reserved. Georg Thieme Verlag Rüdigerstraße 14, 70469 Stuttgart, Germany
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,020 | 0,014 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,005 | 0,007 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,013 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,039 | 0,019 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».