Comparative genome characterization of Echinicola marina sp. nov., isolated from deep-sea sediment provide insight into carotenoid biosynthetic gene cluster evolution
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Echinicola, carotenoid-pigmented bacteria, are isolated from various hypersaline environments. Carotenoid accumulation in response to salt stress can stabilize the cell membrane in order to survive. A pink-colored strain SCS 3–6 was isolated from the deep-sea sediment of the South China Sea. Growth was found to occur at 10–45 °C. The strain could tolerate 10% (w/v) NaCl concentration and grow at pH 5–9. The complete genome of SCS 3–6 comprises 5053 putative genes with a total 5,693,670 bp and an average G + C content of 40.11 mol%. The 16S rRNA gene sequence analysis indicated that strain SCS 3–6 was affiliated with the genus Echinicola, with the closely strains were Echinicola arenosa CAU 1574T (98.29%)and Echinicola shivajiensis AK12T (97.98%). For Echinicola species with available genome sequences, pairwise comparisons for average nucleotide identity (ANI) and in silico DNA-DNA hybridization (DDH) revealed ANIb values from 70.77 to 74.71%, ANIm values from 82.72 to 88.88%, and DDH values from 18.00 to 23.40%. To identify their genomic features, we compared their genomes with those of other Echinicola species. Phylogenetic analysis showed that strain SCS 3–6 formed a monophyletic clade. Genomic analysis revealed that strain SCS 3–6 possessed a complete synthetic pathway of carotenoid and speculated that the production was astaxanthin. Based on phenotypic and genotypic analyses in this study, strain SCS 3–6 is considered to represent a novel species of the genus Echinicola for which the name Echinicola marina sp. nov. is proposed. The type strain is SCS 3-6T (= GDMCC 1.2220T = JCM 34403T).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».