The immunopeptidome from a genomic perspective: Establishing immune-relevant regions for cancer vaccine design
Notice bibliographique
Résumé
Abstract A longstanding disconnect between the growing number of MHC Class I immunopeptidomic studies and genomic medicine hinders cancer vaccine design. We develop COD-dipp to genomically map the full spectrum of detected canonical and non-canonical (non-exonic) MHC Class I antigens from 26 cancer studies. We demonstrate that patient mutations in regions overlapping physically identified antigens better predict immunotherapy response when compared to neoantigen predictions. We suggest a vaccine design approach using 140,966 highly immune-visible regions of the genome annotated by their expression and haplotype frequency in the human population. These regions tend to be highly conserved, mutated in cancer and harbor 7.8 times more immunogenicity. Intersecting pan-cancer mutations with these immune surveilled regions revealed a potential to create off-the-shelf multi-epitope vaccines against public neoantigens. Here we release COD-dipp, a cancer vaccine toolkit as a web-application ( https://www.proteogenomics.ca/COD-dipp ) and open-source high-throughput resource.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».