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Enregistrement W4205141586 · doi:10.1002/humu.24328

Molecular characterization of a large cohort of mucopolysaccharidosis patients: Iran Mucopolysaccharidosis RE‐diagnosis study (IMPRESsion)

2022· article· en· W4205141586 sur OpenAlexaff
Saeed Reza Ghaffari, Maryam Rafati, Mahdi Shadnoush, Shokooh Pourbabaee, Mohammad Aghighi, Siamak Mirab Samiee, Jamshid Kermanchi, Mohammad Reza Alaei, Shadab Salehpour, Davoud Amirkashani, Aria Setoodeh, Peymaneh Sarkhail, Reza Shervin Badv, Majid Aminzadeh, Siamak Shiva, Peyman Eshraghi, Hossein Moravej, Mahin Hashemipour, Noushin Rostampour, َAmir Ali Hamidieh, Bibi Shahin Shamsian, Sedigheh Shams, Daniel Zamanfar, Ayyub Ebrahımı, Ali Otadi, Seyedeh Zahra Tara, Zeinab Barati, Laya Fakhri, Azadeh Hoseini, Hosna Amiri, Somayeh Ramandi, Niusha Mostofinezhad, Zahra Pahlevani Kani, Elham Mohammadyari, Mahsa Khosravi, Masoome Saadati, Fatemeh Hoseininasab, Hamid Reza Khorram Khorshid, Younes Modaberisaber

Notice bibliographique

RevueHuman Mutation · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueLysosomal Storage Disorders Research
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCohortSanger sequencingMucopolysaccharidosisGenetic heterogeneityBiologyMedicineEpidemiologyInternal medicinePediatricsPhenotypeGeneticsGastroenterologyMutationGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Mucopolysaccharidoses (MPSs) are rare, heterogeneous inborn errors of metabolism (IEM) diagnosed through a combination of clinical, biochemical, and genetic investigations. The aim of this study was molecular characterization of the largest cohort of Iranian MPS patients (302 patients from 289 unrelated families), along with tracking their ethnicity and geographical origins. 185/289 patients were studied using an IEM-targeted NGS panel followed by complementary Sanger sequencing, which led to the diagnosis of 154 MPS patients and 5 non-MPS IEMs (diagnostic yield: 85.9%). Furthermore, 106/289 patients who were referred with positive findings went through reanalysis and confirmatory tests which confirmed MPS diagnosis in 104. Among the total of 258 MPS patients, 225 were homozygous, 90 harbored novel variants, and 9 had copy number variations. MPS IV was the most common type (34.8%) followed by MPS I (22.7%) and MPS VI (22.5%). Geographical origin analysis unveiled a pattern of distribution for frequent variants in ARSB (c.430G>A, c.962T>C [p.Leu321Pro], c.281C>A [p.Ser94*]), GALNS (c.319G>A [p.Ala107Thr], c.860C>T [p.Ser287Leu], c.1042A>G [p.Thr348Ala]), and IDUA (c.1A>C [p.Met1Leu], c.1598C>G [p.Pro533Arg], c.1562_1563insC [p.Gly522Argfs*50]). Our extensive patient cohort reveals the genetic and geographic landscape of MPS in Iran, which provides insight into genetic epidemiology of MPS and can facilitate a more cost-effective, time-efficient diagnostic approach based on the region-specific variants.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,122
Score d'incertitude au seuil0,998

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,317
Écart entre enseignants0,295 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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