Genome-wide association study using haplotype libraries and repeated-measures model to identify candidate genomic regions for stillbirth in Holstein cattle
Notice bibliographique
Résumé
Reduced fertility is one of the main causes of economic losses on dairy farms, resulting in economic losses estimated at $938 per stillbirth case in Holstein herds. The identification of genomic regions associated with stillbirth could help to develop better management and breeding strategies aimed to reduce the frequency of undesirable gestation outcomes. Here, 10,570 cows and 50,541 birth records were used to perform a haplotype-based GWAS. A total of 41 significantly associated pseudo-SNPs (haplotypes within haplotype blocks converted to a binary classification) were identified after Bonferroni adjustment for multiple tests. A total of 117 positional candidate genes were annotated within or close (in a 200-kb interval) to significant pseudo-SNPs (haplotype blocks). The guilt-by-association functional prioritization identified 31 potential functional candidate genes for reproductive performance out of the 117 positional candidate genes annotated. These genes play crucial roles in biological processes associated with pregnancy persistence, fetus development, immune response, among others. These results helped us to better understand the genetic basis of stillbirth in dairy cattle and may be useful for the prediction of stillbirth in Holstein cattle, helping to reduce the related economic losses caused by this phenotype.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».