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Enregistrement W4205175609 · doi:10.1038/s41467-021-27845-w

Rapid antigen testing as a reactive response to surges in nosocomial SARS-CoV-2 outbreak risk

2022· article· en· W4205175609 sur OpenAlexfundno aff
David R. Smith, Audrey Duval, Jean Ralph Zahar, Niels Hendrickx, Kévin Jean, Sofía Jijón, Ajmal Oodally, George Shirreff, Cynthia Tamandjou, Lulla Opatowski, Laura Temime

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSARS-CoV-2 detection and testing
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchUniversité de Versailles Saint-Quentin-en-YvelinesConservatoire National des Arts et MétiersUniversité Paris-SaclayFondation de FranceInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleAgence Nationale de la Recherche
Mots-clésOutbreakTransmission (telecommunications)MedicineSocial distanceVaccinationPandemicSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)Incidence (geometry)PopulationHealth careCoronavirus disease 2019 (COVID-19)Environmental healthVirologyEmergency medicineDiseaseInternal medicineInfectious disease (medical specialty)

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Healthcare facilities are vulnerable to SARS-CoV-2 introductions and subsequent nosocomial outbreaks. Antigen rapid diagnostic testing (Ag-RDT) is widely used for population screening, but its health and economic benefits as a reactive response to local surges in outbreak risk are unclear. We simulate SARS-CoV-2 transmission in a long-term care hospital with varying COVID-19 containment measures in place (social distancing, face masks, vaccination). Across scenarios, nosocomial incidence is reduced by up to 40-47% (range of means) with routine symptomatic RT-PCR testing, 59-63% with the addition of a timely round of Ag-RDT screening, and 69-75% with well-timed two-round screening. For the latter, a delay of 4-5 days between the two screening rounds is optimal for transmission prevention. Screening efficacy varies depending on test sensitivity, test type, subpopulations targeted, and community incidence. Efficiency, however, varies primarily depending on underlying outbreak risk, with health-economic benefits scaling by orders of magnitude depending on the COVID-19 containment measures in place.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,014

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,071
Tête enseignante GPT0,366
Écart entre enseignants0,295 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations28
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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