Head‐to‐tail cyclization of side chain‐protected linear peptides to recapitulate genetically‐encoded cyclized peptides
Notice bibliographique
Résumé
screens for inhibitors of any target protein of interest. In particular, the Split Intein Circular Ligation of Protein and Peptides (SICLOPPS) system exploits spontaneous protein splicing of inteins to produce intracellular cyclic peptides. A previous SICLOPPS screen against Aurora B kinase, which plays a critical role during chromosome segregation, identified several candidate inhibitors that we sought to recapitulate by chemical synthesis. We describe the syntheses of cyclic peptide hits and analogs via solution-phase macrocyclization of side chain-protected linear peptides obtained from standard solid-phase peptide synthesis. Cyclic peptide targets, including cyclo-[CTWAR], were designed to match both the variable portions and conserved cysteine residue of their genetically-encoded counterparts. Synthetic products were characterized by tandem high-resolution mass spectrometry to analyze a combination of exact mass, isotopic pattern, and collisional dissociation-induced fragmentation pattern. The latter analyses facilitated the distinction between targets and oligomeric side products, and served to confirm peptidic sequences in a manner that can be readily extended to analyses of complex biological samples. This alternative chemical synthesis approach for cyclic peptides allows cost-effective validation and facile chemical elaboration of hit candidates from SICLOPPS screens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».