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Enregistrement W4205312125 · doi:10.1371/journal.pgen.1009991

Analysis of HubP-dependent cell pole protein targeting in Vibrio cholerae uncovers novel motility regulators

2022· article· en· W4205312125 sur OpenAlexfundno aff
Ipek Altinoglu, Guillaume Abriat, Alexis Carreaux, Lucía Torres‐Sánchez, Mickaël Poidevin, Petya V. Krasteva, Yoshiharu Yamaichi

Notice bibliographique

RevuePLoS Genetics · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBacterial Genetics and Biotechnology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesInstitute of Genetics
Mots-clésBiologyChemotaxisMotilityCell biologyFlagellumVibrio choleraeCaulobacter crescentusCell polarityLive cell imagingProtein subcellular localization predictionCellGeneticsGeneBacteriaCell cycleReceptor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In rod-shaped bacteria, the emergence and maintenance of long-axis cell polarity is involved in key cellular processes such as cell cycle, division, environmental sensing and flagellar motility among others. Many bacteria achieve cell pole differentiation through the use of polar landmark proteins acting as scaffolds for the recruitment of functional macromolecular assemblies. In Vibrio cholerae a large membrane-tethered protein, HubP, specifically interacts with proteins involved in chromosome segregation, chemotaxis and flagellar biosynthesis. Here we used comparative proteomics, genetic and imaging approaches to identify additional HubP partners and demonstrate that at least six more proteins are subject to HubP-dependent polar localization. These include a cell-wall remodeling enzyme (DacB), a likely chemotaxis sensory protein (HlyB), two presumably cytosolic proteins of unknown function (VC1210 and VC1380) and two membrane-bound proteins, named here MotV and MotW, that exhibit distinct effects on chemotactic motility. We show that while both ΔmotW and ΔmotV mutants retain monotrichous flagellation, they present significant to severe motility defects when grown in soft agar. Video-tracking experiments further reveal that ΔmotV cells can swim in liquid environments but are unable to tumble or penetrate a semisolid matrix, whereas a motW deletion affects both tumbling frequency and swimming speed. Motility suppressors and gene co-occurrence analyses reveal co-evolutionary linkages between MotV, a subset of non-canonical CheV proteins and flagellar C-ring components FliG and FliM, whereas MotW regulatory inputs appear to intersect with specific c-di-GMP signaling pathways. Together, these results reveal an ever more versatile role for the landmark cell pole organizer HubP and identify novel mechanisms of motility regulation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,021
Score d'incertitude au seuil0,951

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,207
Écart entre enseignants0,198 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations21
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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