From Surface to Subsurface: Diversity, Composition, and Abundance of Sessile and Endolithic Bacterial, Archaeal, and Eukaryotic Communities in Sand, Clay and Rock Substrates in the Laurentians (Quebec, Canada)
Notice bibliographique
Résumé
Microbial communities play an important role in shallow terrestrial subsurface ecosystems. Most studies of this habitat have focused on planktonic communities that are found in the groundwater of aquifer systems and only target specific microbial groups. Therefore, a systematic understanding of the processes that govern the assembly of endolithic and sessile communities is still missing. This study aims to understand the effect of depth and biotic factors on these communities, to better unravel their origins and to compare their composition with the communities detected in groundwater. To do so, we collected samples from two profiles (~0-50 m) in aquifer sites in the Laurentians (Quebec, Canada), performed DNA extractions and Illumina sequencing. The results suggest that changes in geological material characteristics with depth represent a strong ecological and phylogenetical filter for most archaeal and bacterial communities. Additionally, the vertical movement of water from the surface plays a major role in shallow subsurface microbial assembly processes. Furthermore, biotic interactions between bacteria and eukaryotes were mostly positive which may indicate cooperative or mutualistic potential associations, such as cross-feeding and/or syntrophic relationships in the terrestrial subsurface. Our results also point toward the importance of sampling both the geological formation and groundwater when it comes to studying its overall microbiology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».