Faculty Opinions recommendation of Evolution of HIV-1 isolates that use a novel Vif-independent mechanism to resist restriction by human APOBEC3G.
Notice bibliographique
Résumé
The human APOBEC3G protein restricts the replication of Vif-deficient HIV-1 by deaminating nascent viral cDNA cytosines to uracils, leading to viral genomic strand G-to-A hypermutations [1][2][3][4].However, the HIV-1 Vif protein triggers APOBEC3G degradation, helping explain why this innate defense does not protect patients [5].The APOBEC3G-Vif interaction is a promising therapeutic target, but the benefit of enabling HIV-1 restriction in patients is unlikely to be known until Vif antagonists are developed.As a necessary prelude to such studies, cell-based HIV-1 evolution experiments were done to ask whether APOBEC3G can provide a long-term block to Vifdeficient virus replication and, if so, whether HIV-1 variants would emerge that resist restriction.APOBEC3G-expressing T cells were infected with Vif-deficient HIV-1.Virus infectivity was suppressed in 45/48 cultures for over 5 weeks, but replication was eventually detected in 3 cultures.Virus growth characteristics and sequencing demonstrated that these isolates were still Vif-deficient.Rather, these viruses had acquired a promoter mutation and a Vpr null mutation.Resistance occurred by a novel tolerance mechanism in which the resistant viruses packaged less APOBEC3G and accumulated fewer hypermutations.These data support the development of anti-retrovirals that antagonize Vif and thereby enable endogenous APOBEC3G to suppress HIV-1 replication.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,408 | 0,220 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».