Faculty Opinions recommendation of A potent and broad neutralizing antibody recognizes and penetrates the HIV glycan shield.
Notice bibliographique
Résumé
The HIV envelope (Env) protein gp120 is protected from antibody recognition by a dense glycan shield. However, several of the recently identified PGT broadly neutralizing antibodies appear to interact directly with the HIV glycan coat. Crystal structures of antigen-binding fragments (Fabs) PGT 127 and 128 with Man(9) at 1.65 and 1.29 angstrom resolution, respectively, and glycan binding data delineate a specific high mannose-binding site. Fab PGT 128 complexed with a fully glycosylated gp120 outer domain at 3.25 angstroms reveals that the antibody penetrates the glycan shield and recognizes two conserved glycans as well as a short β-strand segment of the gp120 V3 loop, accounting for its high binding affinity and broad specificity. Furthermore, our data suggest that the high neutralization potency of PGT 127 and 128 immunoglobulin Gs may be mediated by cross-linking Env trimers on the viral surface. PMID: 21998254 Funding information This work was supported by: NCI NIH HHS, United States Grant ID: U01 CA128416 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: AI082362 NCI NIH HHS, United States Grant ID: Y1-CO-1020 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: R01 AI033292 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: AI74372 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: R37 AI033292 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: AI84817 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: R56 AI084817 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: R01 AI033292-14 NCRR NIH HHS, United States Grant ID: P41 RR017573 CIHR, Canada Grant ID: HFE-224662 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: R01 AI084817 NCRR NIH HHS, United States Grant ID: P41RR001209 NCRR NIH HHS, United States Grant ID: RR017573 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: F32 AI074372 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: P01 AI082362 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: AI33292 NCRR NIH HHS, United States Grant ID: P41 RR001209 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: P01 AI082362-04 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: F32 AI074372-03 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: R01 AI084817-04 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: P01 AI082362-03 NIGMS NIH HHS, United States Grant ID: Y1-GM-1104 More Less keyboard_arrow_down
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,007 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,006 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,551 | 0,417 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».