Correspondence Between Genomic- and Genealogical/Coalescent-Based Inference of Homozygosity by Descent in Large French-Canadian Genealogies
Notice bibliographique
Résumé
Research on the genetics of complex traits overwhelmingly focuses on the additive effects of genes. Yet, animal studies have shown that non-additive effects, in particular homozygosity effects, can shape complex traits. Recent investigations in human studies found some significant homozygosity effects. However, most human populations display restricted ranges of homozygosity by descent (HBD), making the identification of homozygosity effects challenging. Founder populations give rise to higher HBD levels. When deep genealogical data are available in a founder population, it is possible to gain information on the time to the most recent common ancestor (MRCA) from whom a chromosomal segment has been transmitted to both parents of an individual and in turn to that individual. This information on the time to MRCA can be combined with the time to MRCA inferred from coalescent models of gene genealogies. HBD can also be estimated from genomic data. The extent to which the genomic HBD measures correspond to the genealogical/coalescent measures has not been documented in founder populations with extensive genealogical data. In this study, we used simulations to relate genomic and genealogical/coalescent HBD measures. We based our simulations on genealogical data from two ongoing studies from the French-Canadian founder population displaying different levels of inbreeding. We simulated single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in a 1-Mb genomic segment from a coalescent model in conjunction with the observed genealogical data. We compared genealogical/coalescent HBD to two genomic methods of HBD estimation based on hidden Markov models (HMMs). We found that genomic estimates of HBD correlated well with genealogical/coalescent HBD measures in both study genealogies. We described generation time to coalescence in terms of genomic HBD estimates and found a large variability in generation time captured by genomic HBD when considering each SNP. However, SNPs in longer segments were more likely to capture recent time to coalescence, as expected. Our study suggests that estimating the coalescent gene genealogy from the genomic data to use in conjunction with observed genealogical data could provide valuable information on HBD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».