Faculty Opinions recommendation of Human metabolic individuality in biomedical and pharmaceutical research.
Notice bibliographique
Résumé
Genome-wide association studies (GWAS) have identified many risk loci for complex diseases, but effect sizes are typically small and information on the underlying biological processes is often lacking. Associations with metabolic traits as functional intermediates can overcome these problems and potentially inform individualized therapy. Here we report a comprehensive analysis of genotype-dependent metabolic phenotypes using a GWAS with non-targeted metabolomics. We identified 37 genetic loci associated with blood metabolite concentrations, of which 25 show effect sizes that are unusually high for GWAS and account for 10-60% differences in metabolite levels per allele copy. Our associations provide new functional insights for many disease-related associations that have been reported in previous studies, including those for cardiovascular and kidney disorders, type 2 diabetes, cancer, gout, venous thromboembolism and Crohn's disease. The study advances our knowledge of the genetic basis of metabolic individuality in humans and generates many new hypotheses for biomedical and pharmaceutical research. PMID: 21886157 Funding information This work was supported by: NHLBI NIH HHS, United States Grant ID: N01‐HC‐55015 NHLBI NIH HHS, United States Grant ID: N01‐HC‐55020 NHLBI NIH HHS, United States Grant ID: HL087647 NHLBI NIH HHS, United States Grant ID: P01HL076491‐06 NHLBI NIH HHS, United States Grant ID: P01 HL098055 NHLBI NIH HHS, United States Grant ID: N01‐HC‐55021 Intramural NIH HHS, United States CIHR, Canada Grant ID: MOP‐82810 Wellcome Trust, United Kingdom Grant ID: 091746 NIDDK NIH HHS, United States Grant ID: R01DK080732 NIA NIH HHS, United States Grant ID: N01‐AG‐12100 CIHR, Canada Grant ID: MOP172605 NHLBI NIH HHS, United States Grant ID: 1R01HL103931‐01 Cancer Research UK, United Kingdom Biotechnology and Biological Sciences Research Council, United Kingdom British Heart Foundation, United Kingdom NHLBI NIH HHS, United States Grant ID: N01‐HC‐55019 Wellcome Trust, United Kingdom Grant ID: 091746/Z/10/Z NHLBI NIH HHS, United States Grant ID: N01‐HC‐55016 NHLBI NIH HHS, United States Grant ID: N01‐HC‐55022 NHLBI NIH HHS, United States Grant ID: R01 HL087676 NHLBI NIH HHS, United States Grant ID: P01HL087018 NHLBI NIH HHS, United States Grant ID: R01HL089650‐02 NHLBI NIH HHS, United States Grant ID: N01‐HC‐55018 CIHR, Canada Grant ID: MOP77682 Medical Research Council, United Kingdom More Less keyboard_arrow_down
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,011 | 0,041 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,008 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,002 |
| Communication savante | 0,010 | 0,006 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,017 | 0,008 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,657 | 0,580 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».