Human papillomavirus genotype concordance between Anyplex II HPV28 and linear array HPV genotyping test in anogenital samples
Notice bibliographique
Résumé
Anyplex II HPV-28 (HPV-28) can detect individually 28 HPV genotypes. We assessed the agreement between linear array HPV genotyping (LA-HPV) and HPV-28 for detection of 27 HPV genotypes in 410 stored anogenital samples (75 anal samples, 335 physician-collected cervical samples) collected over 5 years from 410 individuals (13 men, 397 women), including 202 HIV-seropositive individuals. HPV DNA was detected in 393 (95.9%, 95% confidence interval [CI]: 93.4-97.4) and 382 (93.2%, 95% CI: 90.3-95.3) samples with HPV-28 and LA-HPV (p = 0.13), respectively, for a good agreement of 96.3% (κ = 0.65). Of the 10503 HPV typing results, 10195 (780 positive, 9577 negative) were concordant, for an agreement of 97.1% (95% CI: 96.7-97.4) and an excellent of κ = 0.82 (95% CI: 0.80-0.84). The mean type-specific concordance for 27 genotypes was 97.0%, 95% CI: 95.8-98.5 (κ = 0.86 ± 0.07, 95% CI: 0.83-0.88). Excellent agreement was obtained individually for all high-risk genotypes (κ = 0.81-0.97) and for most other genotypes except for types 42, 44, 54, 68, and 69. The mean number of types per sample in discordant samples detected with LA-HPV (3.0, 95% CI: 2.7-3.4) was greater than in concordant samples (1.4, 95% CI: 1.3-1.5; p< 0.001). In conclusion, HPV-28 compared favorably with LA-HPV, but was more frequently positive for HPV42 and HPV68.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,016 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».