Selection of appropriate reference genes in different tissues of <i>Vaccinium dunalianum</i> Wight by quantitative real-time PCR for gene expression studies
Notice bibliographique
Résumé
Quantitative real-time polymerase chain reaction (PCR) is a powerful tool for investigating relevant changes in gene expression. At present, there are no reports on reference genes for Vaccinium dunalianum Wight (V. dunalianum Wight). Here, the expression profiles of 15 frequently used reference genes were used to screen for appropriate reference genes in different tissues of V. dunalianum Wight collected in Yunnan and Wuding, China. The cycle threshold (Ct) values of genes in different samples were compared and analyzed. Furthermore, BestKeeper, NormFinder, and geNorm software were used to evaluate the stability of each candidate reference gene. Analysis using geNorm showed that the expression levels of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) and protein phosphatase 2A-2 (PP2A-2) were the most stable. In turn, the expression level of eukaryotic initiation factor-2 (EIF-4A-2) was the most stable as per analysis by NormFinder, while Bestkeeper revealed that actin-related protein-1 (ARP-1) was the most stably expressed. Comprehensive analysis and validation experiments showed that EIF-4A-2 and PP2A-2 were the most suitable reference genes for V. dunalianum Wight.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».