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Enregistrement W4205774081 · doi:10.3410/f.1033729.387923

Faculty Opinions recommendation of Outer membrane vesicle production by Escherichia coli is independent of membrane instability.

2006· dataset· en· W4205774081 sur OpenAlexaff
Terrance Beveridge

Notice bibliographique

RevueFaculty Opinions – Post-Publication Peer Review of the Biomedical Literature · 2006
Typedataset
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueBacterial Infections and Vaccines
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Institute of General Medical SciencesNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clésVesicleBacterial outer membraneMutantCell envelopeEscherichia coliBiologyCell biologyPeptidoglycanGeneMembraneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

It has been long noted that gram-negative bacteria produce outer membrane vesicles, and recent data demonstrate that vesicles released by pathogenic strains can transmit virulence factors to host cells.However, the mechanism of vesicle release has remained undetermined.This genetic study addresses whether these structures are merely a result of membrane instability or are formed by a more directed process.To elucidate the regulatory mechanisms and physiological basis of vesiculation, we conducted a screen in Escherichia coli to identify gene disruptions that caused vesicle over-or underproduction.Only a few low-vesiculation mutants and no null mutants were recovered, suggesting that vesiculation may be a fundamental characteristic of gram-negative bacterial growth.Gene disruptions were identified that caused differences in vesicle production ranging from a 5-fold decrease to a 200-fold increase relative to wild-type levels.These disruptions included loci governing outer membrane components and peptidoglycan synthesis as well as the E cell envelope stress response.Mutations causing vesicle overproduction did not result in upregulation of the ompC gene encoding a major outer membrane protein.Detergent sensitivity, leakiness, and growth characteristics of the novel vesiculation mutant strains did not correlate with vesiculation levels, demonstrating that vesicle production is not predictive of envelope instability.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,009
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Jeu de données · Signal consensuel: Jeu de données
Score de désaccord entre enseignants0,029
Score d'incertitude au seuil0,097

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,009
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0050,009
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0290,021

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,308
Écart entre enseignants0,287 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreJeu de données

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2006
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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