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Enregistrement W4205787518 · doi:10.21203/rs.3.rs-1233380/v1

Spatial and molecular profiling of the classic Hodgkin lymphoma microenvironment reveals an immunosuppressive mononuclear phagocyte network

2022· preprint· en· W4205787518 sur OpenAlexfundno aff
Benjamin J. Stewart, Martin Fergie, Matthew D. Young, Claire Jones, Ashwin Sachdeva, Alex E. Blain, Chris M. Bacon, Vikki Rand, John R. Ferdinand, Kylie R. James, Krishnaa T. Mahbubani, Liz Hook, Nicolaas Jonas, Nicholas Coleman, Kourosh Saeb‐Parsy, Matthew Collin, Menna R. Clatworthy, Sam Behjati, Christopher D. Carey

Notice bibliographique

RevueResearch Square · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilCenters for Disease Control and PreventionNewcastle UniversityUniversity of British ColumbiaWellcome TrustJGW Patterson Foundation
Mots-clésMononuclear phagocyte systemPhagocyteProfiling (computer programming)LymphomaHodgkin lymphomaTumor microenvironmentBiologyComputational biologyImmunologyComputer scienceImmune system

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Although a lymph node infiltrated by classic Hodgkin lymphoma is mostly composed of non-neoplastic immune cells, the malignant Hodgkin Reed-Sternberg cells (HRSC) successfully suppress an anti-tumor immune response, to create a cancer-permissive microenvironment. Accordingly, unleashing the dormant immune cells, for example by checkpoint inhibition, has been a central focus of recent therapeutic advances for this disease. Here, we profiled the global immune cell composition of normal and diseased lymph nodes by single-cell RNA sequencing, as a basis for interrogating the immediate vicinity of HRSC, first regionally and then at cellular resolution. Our analyses revealed specific immune cells and functional states associated with HRSC. Most prominently, we discovered a non-random spatial association of immunoregulatory mononuclear phagocytes positioned around HRSC, which express the immune checkpoints PD-L1, TIM-3, and the tryptophan-catabolizing protein IDO1. These findings provide a basis for rational targeting and activation of the anti-tumor immune response in classic Hodgkin lymphoma.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,029
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,003
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,026
Tête enseignante GPT0,302
Écart entre enseignants0,276 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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