Proteomic analysis of Parkinson’s disease patient cohorts show similarities in mechanism to Alzheimer’s disease
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Alzheimer’s Disease and Parkinson’s Disease (PD) share similarities in phenotype and an overlap between disease subtypes and diagnostic testing which implies a link between some of the neurodegenerative processes. Here, we report the initial results for proteomic assays on two longitudinal PD cohorts demonstrating dementia‐like protein dysregulation signatures as well as PD specific signatures in the largest proteomics collection of PD patients to date. Method We used aptamer‐based technology (SOMAmer assay, SomaLogic®) to measure 4003 proteins in 1599 serum samples collected from two observational longitudinal cohorts: Oxford Parkinson’s Disease Centre Discovery cohort (OPDC) and the UK Tracking Parkinson’s cohort. Clinical measures of disease progression included the Movement Disorders Society Unified Parkinson’s Disease Rating Scale part III (UPDRS) and Montreal Cognitive Assessment (MoCA) adjusted for education years. The sample set included 319 controls. We performed dysregulation analysis on log2 transformed data using linear models corrected for age, gender, and cohort. Enrichment analysis was implemented in the R library clusterProfiler using the KEGG and GO databases. Comprehensive co‐expression analysis was performed using WGCNA. Result Initial pathway analysis showed that the main significantly dysregulated protein pathways of case status were the Complement and coagulation cascades (p = 0.0086) and Protein digestion and absorption (p =0.0152). The Fat digestion and protein absorption pathway was enriched for dysregulated proteins associated to the UPDRS measure (p = 0.00142). Using co‐expression analysis we identified a module of 625 proteins with a significant relationship to disease status (p = 3.20x10‐07) and the movement (p = 2.35 x10‐05) and cognition (p = 0.005) endophenotypes. This module was enriched for proteins involved in axon guidance in addition to the complement and coagulation cascades and protein digestion and absorption found in initial analyses. Conclusion Using a comprehensive profiling analysis of protein expression in two unique longitudinal PD cohorts we demonstrate the overlap between neurodegenerative disease types as well as highlight unique PD associations with potential mechanistic links to gut processes. This will have implications for further analysis of these PD cohorts for further mechanistic analysis and more importantly biomarker detection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».