Polymorphism of coupled indels in porcine <i>TNNC2</i> alters its transcript splicing and is associated with meat quality traits
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The TNNC2 gene encodes the fast‐skeletal C subunit of the troponin complex that plays a vital role in the regulation of striated muscle contraction and could be a candidate gene for pork quality. Here, we identified coupled insertion/deletion (indel) variants, a 17‐bp insertion and an 11‐bp deletion, in porcine TNNC2. The coupled indel variants provide an alternative splicing donor site and cause a 42‐bp truncation in the first exon of TNNC2‐201, leading to increased expression of TNNC2‐201. Polymorphism of the two indel variants is associated with the average backfat thickness (p = 3.16 × 10−3), pH value 24 h post‐slaughter (p = 4.31 × 10−4), intramuscular fat (IMF) content (p = 1.54 × 10−2), and myofiber cross‐sectional area (p = 2.86 × 10−2) of longissimus dorsi in a population of 425 Duroc (♂) × Luchuan (♀) pigs. In an independent population of 1,304 commercial hybrid pigs, we further confirmed that it is associated with the IMF content (p = 1.75 × 10−4), pH value 45 min post‐slaughter (p = 6.34 × 10−3), and drip loss (p = 2.88 × 10−2) of the longissimus dorsi muscle. An increased frequency of the mutant allele is linked to increased IMF content, smaller myofibers, and a relatively moderate pH value. Furthermore, we detected a mutant allele frequency of 96.67% in Luchuan pigs and 86.67% in Tongcheng pigs, whereas the frequency was 0.91% in Duroc pigs, 2.04% in Landrace pigs, and 0% in Yorkshire and Pietrain pigs, indicating its opposing distributions in lean‐type and Chinese local pig breeds. The present results establish coupled indel variants of TNNC2 as a novel molecular marker for meat quality improvement.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».