Polymorphism of coupled indels in porcine <i>TNNC2</i> alters its transcript splicing and is associated with meat quality traits
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The TNNC2 gene encodes the fast‐skeletal C subunit of the troponin complex that plays a vital role in the regulation of striated muscle contraction and could be a candidate gene for pork quality. Here, we identified coupled insertion/deletion (indel) variants, a 17‐bp insertion and an 11‐bp deletion, in porcine TNNC2 . The coupled indel variants provide an alternative splicing donor site and cause a 42‐bp truncation in the first exon of TNNC2 ‐201, leading to increased expression of TNNC2 ‐201. Polymorphism of the two indel variants is associated with the average backfat thickness ( p = 3.16 × 10 −3 ), pH value 24 h post‐slaughter ( p = 4.31 × 10 −4 ), intramuscular fat (IMF) content ( p = 1.54 × 10 −2 ), and myofiber cross‐sectional area ( p = 2.86 × 10 −2 ) of longissimus dorsi in a population of 425 Duroc (♂) × Luchuan (♀) pigs. In an independent population of 1,304 commercial hybrid pigs, we further confirmed that it is associated with the IMF content ( p = 1.75 × 10 −4 ), pH value 45 min post‐slaughter ( p = 6.34 × 10 −3 ), and drip loss ( p = 2.88 × 10 −2 ) of the longissimus dorsi muscle. An increased frequency of the mutant allele is linked to increased IMF content, smaller myofibers, and a relatively moderate pH value. Furthermore, we detected a mutant allele frequency of 96.67% in Luchuan pigs and 86.67% in Tongcheng pigs, whereas the frequency was 0.91% in Duroc pigs, 2.04% in Landrace pigs, and 0% in Yorkshire and Pietrain pigs, indicating its opposing distributions in lean‐type and Chinese local pig breeds. The present results establish coupled indel variants of TNNC2 as a novel molecular marker for meat quality improvement.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».