Species‐specific responses to landscape features shaped genomic structure within Alaska galliformes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Aim Connectivity is vital to the resiliency of populations to environmental change and stochastic events, especially for cold‐adapted species as Arctic and alpine tundra habitats retract as the climate warms. We examined the influence of past and current landscapes on genomic connectivity in cold‐adapted galliformes as a critical first step to assess the vulnerability of Alaska ptarmigan and grouse to environmental change. We hypothesize that the mosaic of physical features and habitat within Alaska promoted the formation of genetic structure across species. Location Alaska, United States of America. Taxa Ptarmigan and Grouse (Galliformes: Tetraoninae). Methods We collected double digest restriction‐site‐associated DNA sequence data from six ptarmigan and grouse species (N = 13–145/species) sampled across multiple ecosystems up to ~10 degrees of latitude. Spatial genomic structure was analysed using methods that reflect different temporal scales: (1) principal components analysis to identify major trends in the distribution of genomic variation; (2) maximum likelihood clustering analyses to test for the presence of multiple genomic groupings; (3) shared co‐ancestry analyses to assess contemporary relationships and (4) effective migration surfaces to identify regions that deviate from a null model of isolation by distance. Results Levels of genomic structure varied across species (ΦST =0.009–0.042). Three general patterns of structure emerged: (1) east‐west partition located near the Yukon‐Tanana uplands; (2) north‐south split coinciding with the Alaska Range and (3) northern group near the Brooks Range. Species‐specific patterns were observed; not all landscape features were barriers to gene flow for all ptarmigan and grouse and temporal contrasts were detected at the Brooks Range. Main conclusions Within Alaska galliformes, patterns of genomic structure coincide with physiographic features and highlight the importance of physical and ecological barriers in shaping how genomic diversity is arrayed across the landscape. Lack of concordance in spatial patterns indicates that species behaviour and habitat affinities play key roles in driving the contrasting patterns of genomic structure.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».