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Enregistrement W4206088079 · doi:10.26434/chemrxiv-2022-zms0g

Orthogonal DNA barcodes enable the high-throughput screening of sequence-defined polymers

2022· preprint· en· W4206088079 sur OpenAlexafffund
Donatien de Rochambeau, Serhii Hirka, Daniel Saliba, Shaun D. Anderson, Violeta Toader, Michael D. Dore, Felix J. Rizzuto, Maureen McKeague, Hanadi F. Sleiman

Notice bibliographique

RevueChemRxiv · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced biosensing and bioanalysis techniques
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchKillam TrustsFonds Québécois de la Recherche sur la Nature et les TechnologiesCanada Research ChairsFonds de recherche du Québec – Nature et technologiesCanada Council for the ArtsCanada Foundation for InnovationJewish Community Foundation of MontrealJewish Community Foundation
Mots-clésSequence (biology)BiomoleculeDNABottleneckThroughputDNA sequencingComputational biologyComputer scienceOligomerHigh-throughput screeningPolymerCombinatorial chemistryNanotechnologyChemistryMaterials scienceBiologyBioinformaticsGeneticsEmbedded system

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Polymers with sequence definition allow access to programmable morphologies and applications, but directly correlating polymer structure to function currently requires case-by-case analysis: high throughput methods that identify promising species from entire chemical families are required. Here, we show that the discovery of effective protein target-recognition molecules can be achieved using DNA-encoded libraries of chemically diverse sequence-defined oligomers, generated on an automated DNA synthesizer. These structures are ALENOMERs – Aptamer-Like ENcoded OligoMERs – that are read and sequenced using a DNA code that branches from, and corresponds to, the target-binding oligomer. By incorporating nucleosidic and non-nucleosidic components into alenomers at specific locations, we unlock new supramolecular interactions for biomolecule binding, and directly correlate their effectiveness at each site. Our alenomer library screening removes the low throughput bottleneck of analyzing individual sequence-defined polymers, improving the binding efficacies of natural systems and enabling wide chemical spaces to be sampled for biomolecule sensing, therapy, and diagnostics.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,285
Écart entre enseignants0,260 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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