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Enregistrement W4206098478 · doi:10.1073/pnas.2113476118

Cell-free DNA profiling informs all major complications of hematopoietic cell transplantation

2022· article· en· W4206098478 sur OpenAlexfundno aff
Alexandre Pellan Cheng, Matthew P. Cheng, Conor Loy, Joan Sesing Lenz, Kaiwen Chen, Sami Smalling, Philip Burnham, Kaitlyn Marie Timblin, J. Orejas, Emily A. Silverman, Paz Polak, Francisco M. Marty, Jerome Ritz, Iwijn De Vlaminck

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNational Institutes of Health
Mots-clésHematopoietic cellCell-free fetal DNAHematopoietic stem cell transplantationDiseaseTransplantationMedicineCellDNAGraft-versus-host diseaseHaematopoiesisOncologyImmunologyBiologyInternal medicineStem cellGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Significance Hematopoietic cell transplantation is the gold standard treatment for many blood disorders, including blood cancers. Nonetheless, frequent post-transplant complications limit the long-term benefit of HCT. Here, we find that circulating cell-free DNA is a highly versatile analyte for monitoring of the most important complications of HCT: Graft-Versus-Host Disease, infection, graft failure and disease relapse. We show that these different therapeutic complications can be informed from a single cell-free DNA sequencing assay followed by disease-specific bioinformatic analyses. This test requires only low coverage DNA sequencing and is compatible with small volumes of blood. Cell-free DNA may improve the care of allogeneic HCT recipients by enabling earlier detection and better prediction of the complex array of complications that occur after HCT.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,270
Écart entre enseignants0,250 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations49
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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