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Enregistrement W4206162934 · doi:10.1111/nyas.14745

Targeted protein degradation: from small molecules to complex organelles—a Keystone Symposia report

2022· article· en· W4206162934 sur OpenAlexaff
Jennifer Cable, Eilika Weber‐Ban, Tim Clausen, Kylie J. Walters, Michal Sharon, Daniel Finley, Yangnan Gu, John Hanna, Yue Feng, Sascha Martens, Anne Simonsen, Malene Hansen, Hong Zhang, Jonathan M. Goodwin, Alessio Reggio, Chunmei Chang, Liang Ge, Brenda A. Schulman, Raymond J. Deshaies, Ivan Đikić, J. Wade Harper, Ingrid E. Wertz, Nicolas H. Thomä, Mikołaj Słabicki, Judith Frydman, Ursula Jakob, Della David, Eric J. Bennett, Carolyn R. Bertozzi, Richa Sardana, Vinay V. Eapen, Serena Carra

Notice bibliographique

RevueAnnals of the New York Academy of Sciences · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtein Degradation and Inhibitors
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer CentreUniversity of TorontoUniversity Health Network
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesNational Institute on Aging
Mots-clésProtein degradationLysosomeCell biologyEndosomeProteasomeUbiquitinAutophagyOrganelleEndoplasmic-reticulum-associated protein degradationFunction (biology)ChemistryDegradation (telecommunications)BiologyComputational biologyBiochemistryComputer scienceEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Targeted protein degradation is critical for proper cellular function and development. Protein degradation pathways, such as the ubiquitin proteasomes system, autophagy, and endosome-lysosome pathway, must be tightly regulated to ensure proper elimination of misfolded and aggregated proteins and regulate changing protein levels during cellular differentiation, while ensuring that normal proteins remain unscathed. Protein degradation pathways have also garnered interest as a means to selectively eliminate target proteins that may be difficult to inhibit via other mechanisms. On June 7 and 8, 2021, several experts in protein degradation pathways met virtually for the Keystone eSymposium "Targeting protein degradation: from small molecules to complex organelles." The event brought together researchers working in different protein degradation pathways in an effort to begin to develop a holistic, integrated vision of protein degradation that incorporates all the major pathways to understand how changes in them can lead to disease pathology and, alternatively, how they can be leveraged for novel therapeutics.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,022
Score d'incertitude au seuil0,075

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0050,006
Science ouverte0,0010,004
Intégrité de la recherche0,0030,006
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0220,010

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,071
Tête enseignante GPT0,306
Écart entre enseignants0,235 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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