Genome-wide signatures in flax pinpoint to adaptive evolution along its ecological gradient
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Flax is one of the eight founder crops of agriculture. It is believed to have been domesticated as a long-day plant that has since spread to survive in a wide range of eco-geographic regions extending from the warm Indian subcontinent to the low latitude east African highlands and to the cool and high-latitude Eurasia. Understanding the genetic basis underlying its adaptation and selection events throughout its dispersion is essential to develop cultivars adapted to local environmental conditions. METHODS: Here we detected genetic signatures of local adaptation and selection events of flax based on 385 accessions from all major flax growing regions of the world using genome scan methods and three genomic datasets: (1) a genome-wide dataset of more than 275K single nucleotide polymorphisms (SNPs), (2) a filtered dataset of 23K SNPs with minor allele frequency >10% and, (3) a 34K exon-derived SNP dataset. RESULTS: Principal component (PC) and fixation index (FST)-based genome scans yielded consistent outlier SNP loci on chromosomes 1, 8, 9 and 12. Additional loci on chromosomes 3, 7, 8, 10, 11, 13 and 14 were detected using both the PC and FST methods in two of the three datasets. A genome-environment association (GEA) analysis using the 23K dataset and the first PC of cropping season temperature, day-length and latitude identified significant SNPs on chromosomes 3, 7, 9 and 13. CONCLUSIONS: Most of the loci detected by the three methods harbored relevant genes for local adaptation, including some that play roles in day-length, light and other biotic and abiotic stresses responses. Such genetic signatures may help to select pre-breeding materials potentially adapted to specific growing niches prior to field performance trials. Given the current low genotyping cost and freely available environmental data, the genome scans along with GEA can readily provide opportunity to sort out materials suitable to various environmental conditions from large set of germplasm in gene banks and/or in situ, thereby assisting the breeding and genetic conservation efforts.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle