Development of Virus Induced Gene Silencing Tools for Functional Genomics in Grapevine
Notice bibliographique
Résumé
Grapevine is perhaps the most widely grown fruit crop. To understand the genetic make-up so as to improve the yield and quality of grapes and grape products, researchers in Europe have recently sequenced the genomes of Pinot noir and its inbred. As expected, function of many grape genes is unknown. Functional genomics studies have become the major focus of grape researchers and breeders. Current genetic approaches for gene function studies include mutagenesis, crossing and genetic transformation. However, these approaches are difficult to apply to grapes and takes long periods of time to accomplish. It is thus imperative to seek new ways for grape functional genomics studies. Virus-induced gene silencing (VIGS) offers an attractive alternative for this purpose and has proven highly effective in several herbaceous plant species including tomato, tobacco and barley. VIGS offers several advantages over existing functional genomics approaches. First, it does not require transformation to silence a plant gene target. Instead, it induces silencing of a plant gene through infection with a virus that contains the target gene sequence, which can be accomplished within a few weeks. Second, different plant genes can be readily inserted into the viral genome via molecular cloning and functions of a large number of genes can be identified within a short period of time. Our long-term goal of this research is to develop VIGS-based tools for grapevine functional genomics, made of the genomes of Grapevine virus A (GVA) from Israel and Grapevine rupestris stem pitting-associated virus (GRSPaV) from Canada. GVA and GRSPaV are members of the Flexiviridae. Both viruses have single-stranded, positive sense RNA genomes, which makes them easy to manipulate genetically and excellent candidates as VIGS vectors. In our three years research, several major breakthroughs have been made by the research groups involved in this project. We have engineered a cDNA clone of GVA into a binary vector that is infectious upon delivery into plantlets of micropropagated Vitis viniferacv. Prime. We further developed the GVA into an expression vector that successfully capable to silence endogenous genes. We also were able to assemble an infectious full-length cDNA clones of GRSPaV. In the following sections Achievements and Detailed description of the research activities, we are presenting the outcome and results of this research in details.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».