In memory of Gary Bauchan: Integrated taxonomy of soil mites in farming systems
Notice bibliographique
Résumé
Current and future legislation requiring the reduction of pesticides use, coupled with global initiatives for the promotion of soil health and conservation of soil biodiversity are creating opportunities for studies aimed at highlighting ecosystem services provided by functioning soil food webs in agricultural systems, including soil predatory mites. However, the key personnel for performing such studies are expert taxonomists, who are already spread very thin. To meet this demand, we propose an integrative approach where scientists (without expertise in taxonomy) play a significant role in supporting expert taxonomists. Soil samples were collected at the USDA ARS Farming Systems Project (FSP) at the Beltsville Agricultural Research Center, either incubated or not, followed by extraction of mites and nematodes. Improved modified Berlese funnels and an extraction protocol were utilized to improve sequencing success. Incubation dramatically enhanced the number of extracted individuals per sample whilst the daily freezing of extracted mites substantially improved the sequencing success rate compared to previous studies. Taken together, this led to the addition of records for eight Mesostigmata and ten Oribatida BINs to BOLD (Barcode of Life Datasystem). Fifteen species of Mesostigmata species were found, with three dominant species, Cycetogamasus diviortus (Athias-Henriot, 1967) (Parasitidae), Lasioseius youcefi Athias-Henriot 1959 (Blattisociidae) and a new species of Gamasellodes (Ascidae). LTSEM imaging followed by molecular identification contributed further details to the published descriptions of C. diviortus and L. youcefi. In line with our general aim, collecting, extracting, identification to morpho-species, sample preparation for DNA barcoding and uploading relevant information to BOLD was performed by trained personnel, but without taxonomic expertise. Whereas our skilled taxonomists focused on the morphological identifications using light microscopy, expanding on existing descriptions using LTSEM images and in a subsequent manuscript the description of a new species. We believe this division of tasks and labor will set the stage for further collaborative integrated studies between ecologists, biocontrol specialists and expert taxonomists for the identification, evaluation, and description of known and novel soil acarine biological control agents (BCAs).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,025 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,004 | 0,006 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,009 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,014 | 0,010 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».