CAP-ACP Workload Model for Advanced Diagnostics in Precision Medicine
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: In precision medicine, where oncologic management is tailored to the individual's clinical and genetic profiles, advanced diagnostic testing provides prognostic information and guides management in a growing number of malignancies. There is a need to capture the work pathologists perform to meet this demand by providing medically relevant, timely, and accurate testing results. This work includes not only direct patient consults (interpretation of results and issuing reports) but the administrative and medical oversight as well as the research needed to provide the necessary quality assurance, quality control, direction, and framework for the laboratory. METHODS: An expert panel of Canadian pathologists involved in advanced diagnostics was convened to establish and beta test a model for workload assessment in advanced diagnostics. RESULTS: All aspects of the advanced diagnostics workload were detailed and applied to models based on members' experience, including medical oversight, administration, and the introduction of new testing and platforms. Models for biomarker testing were developed for simple and complex or multiplexed assays, and a detailed model was developed to assess the workload for next-generation sequencing-based assays. CONCLUSIONS: This paper provides the first detailed proposal for capturing an advanced diagnostic workload to enable appropriate pathologist allotment for performing all the steps required to run an advanced diagnostic service.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,020 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,005 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».