Faculty Opinions recommendation of Function, targets, and evolution of Caenorhabditis elegans piRNAs.
Notice bibliographique
Résumé
Piwi-interacting RNAs (piRNAs) are small RNAs required to maintain germline integrity and fertility but their mechanism of action is poorly understood.Here we demonstrate that C. elegans piRNAs silence transcripts in trans through imperfectly complementary sites.Target silencing is independent of Piwi endonuclease activity or "slicing".Instead, piRNAs initiate a localized secondary endogenous small interfering RNA (endo-siRNA) response.Endogenous proteincoding gene and transposon transcripts exhibit Piwi-dependent endo-siRNAs at sites complementary to piRNAs and are de-repressed in Piwi mutants.Genomic loci of piRNA biogenesis are depleted of protein-coding genes and tend to overlap the start and end of transposons in sense and antisense, respectively.Our data suggest that nematode piRNA clusters are evolving to generate piRNAs against active mobile elements.Thus, piRNAs provide heritable, sequence-specific triggers for RNAi in C. elegans.The Piwi/piRNA pathway has an evolutionarily conserved role in germline transposon silencing in animals.C. elegans encodes two Piwi family proteins, PRG-1 and PRG-2, although PRG-2 has likely little or no function (1, 2).PRG-1 and piRNA expression is restricted to the male and female germline.The piRNAs of C. elegans are 21 nucleotides in length with a 5′ uracil (21U-RNAs) (1-4).In C. elegans piRNAs have a sequence motif, situated ~40 bp upstream of each piRNA locus, that is thought to be required for piRNA biogenesis (2, 3).A challenge in the field is to understand the mechanism(s) by which piRNAs act on their targets.Proposed functions for Piwi/piRNA complexes include the RNAi-like slicing of RNA transcripts (5-7), transcript deadenylation (8) and de novo DNA methylation (9, 10).Here we identify the targeting mechanism and the endogenous targets of C. elegans piRNAs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,012 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,057 | 0,031 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».