PyRodentTracks: flexible computer vision and RFID based system for multiple rodent tracking and behavioral assessment
Notice bibliographique
Résumé
Abstract PyRodentTracks (PRT) is a scalable and customizable computer vision and RFID- based system for multiple rodent tracking and behavior assessment that can be set up within minutes in any user-defined arena at minimal cost. PRT is composed of the online Raspberry Pi-based video and RFID acquisition and the subsequent offline analysis tools. The system is capable of tracking up to 6 mice in experiments ranging from minutes to days. PRT maintained a minimum of 88% detections tracked with an overall accuracy >85% when compared to manual validation of videos containing 1-4 mice in a modified home-cage. As expected, chronic recording in home-cage revealed diurnal activity patterns. Moreover, it was observed that novel non-cagemate mice pairs exhibit more similarity in travel trajectory patterns over a 10-minute period in the openfield than cagemates. Therefore, shared features within travel trajectories between animals may be a measure of sociability that has not been previously reported. Moreover, PRT can interface with open-source packages such as Deeplabcut and Traja for pose estimation and travel trajectory analysis, respectively. In combination with Traja, PRT resolved motor deficits exhibited in stroke animals. Overall, we present an affordable, open-sourced, and customizable/scalable rodent-specific behavior recording and analysis system. Statement of Significance An affordable, customizable, and easy-to-use open-source rodent tracking system is described. To tackle the increasingly complex questions in neuroscience, researchers need a flexible system to track rodents of different coat colors in various complex experimental paradigms. The majority of current tools, commercial or otherwise, can only be fully automated to track multiple animals of the same type in a single defined environment and are not easily setup within custom arenas or cages. Moreover, many tools are not only expensive but are also difficult to set up and use, often requiring users to have extensive hardware and software knowledge. In contrast, PRT is easy to install and can be adapted to track rodents of any coat color in any user-defined environment with few restrictions. We believe that PRT will be an invaluable tool for researchers that are quantifying behavior in identified animals.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».