Genomic inversions in <i>Escherichia coli</i> alter gene expression and are associated with nucleoid protein binding sites
Notice bibliographique
Résumé
Genomic reorganization, such as rearrangements and inversions, influences how genetic information is organized within the bacterial genomes. Inversions, in particular, facilitate genome evolution through gene gain and loss, and can alter gene expression. Previous studies have investigated the impact inversions have on gene expression induced inversions targeting specific genes or examine inversions between distantly related species. This fails to encompass a genome-wide perspective of naturally occurring inversions and their post-adaptation impact on gene expression. Here, we used bioinformatic techniques and multiple RNA-seq datasets to investigate the short- and long-range impact inversions have on genomic gene expression within Escherichia coli. We observed differences in gene expression between homologous inverted and non-inverted genes even after long-term exposure to adaptive selection. In 4% of inversions representing 33 genes, differential gene expression between inverted and non-inverted homologs was detected, with greater than two-thirds (71%) of differentially expressed inverted genes having 9.4–85.6-fold higher gene expression. The identified inversions had more overlap than expected with nucleoid-associated protein binding sites, which assist in the regulation of genomic gene expression. Some inversions can drastically impact gene expression, even between different strains of E. coli, and could provide a mechanism for the diversification of genetic content through controlled expression changes.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».