Faculty Opinions recommendation of BACH2 enforces the transcriptional and epigenetic programs of stem-like CD8+ T cells.
Notice bibliographique
Résumé
During chronic infection and cancer, a self-renewing CD8+ T cell subset maintains long-term immunity and is critical to the effectiveness of immunotherapy. These stem-like CD8+ T cells diverge from other CD8+ subsets early after chronic viral infection. However, pathways guarding stem-like CD8+ T cells against terminal exhaustion remain unclear. Here, we show that the gene encoding transcriptional repressor BACH2 is transcriptionally and epigenetically active in stem-like CD8+ T cells but not terminally exhausted cells early after infection. BACH2 overexpression enforced stem-like cell fate, whereas BACH2 deficiency impaired stem-like CD8+ T cell differentiation. Single-cell transcriptomic and epigenomic approaches revealed that BACH2 established the transcriptional and epigenetic programs of stem-like CD8+ T cells. In addition, BACH2 suppressed the molecular program driving terminal exhaustion through transcriptional repression and epigenetic silencing. Thus, our study reveals a new pathway that enforces commitment to stem-like CD8+ lineage and prevents an alternative terminally exhausted cell fate. PMID: 33574619 Funding information This work was supported by: NIAID NIH HHS, United States Grant ID: R01 AI105343 Intramural NIH HHS, United States Grant ID: ZIA AI001240 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: P01 AI108545 Intramural NIH HHS, United States Grant ID: ZIA BC011480 NIA NIH HHS, United States Grant ID: R00 AG056524 Intramural NIH HHS, United States Grant ID: ZIA AR041159 Intramural NIH HHS, United States Grant ID: ZIA AR041167 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: R01 AI115712 NIA NIH HHS, United States Grant ID: K99 AG056524 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: U19 AI082630 NCI NIH HHS, United States Grant ID: F99 CA234842 Intramural NIH HHS, United States Grant ID: ZIA NS003112 Intramural NIH HHS, United States Grant ID: ZIA DK075149 NCI NIH HHS, United States Grant ID: P01 CA210944 Intramural NIH HHS, United States Grant ID: ZIA AR041106 Intramural NIH HHS, United States Grant ID: ZIA NS003111 NCI NIH HHS, United States Grant ID: K00 CA234842 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: P01 AI112521 NIAID NIH HHS, United States Grant ID: U19 AI117950 Intramural NIH HHS, United States Grant ID: ZIA AI001241 More Less keyboard_arrow_down
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,475 | 0,159 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».