P700 The GEM Project: Stool metabolomic profile is associated with microbiome risk score and with future onset of Crohn’s disease in healthy first-degree relatives
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background We recently developed and validated a microbial composition-based risk score (MRS) that predicts future risk of Crohn’s disease (CD) development among healthy first-degree relatives (FDR) of CD patients. We hypothesized that stool metabolomic profiles may mediate the effect of microbiome-based risk on future onset of CD. Methods Healthy FDRs of CD patients were recruited as part of the CCC-GEM Project. Stool metabolomics data were available in the nested case-control cohort (a subset of CCC-GEM cohort) whereby FDRs who later developed CD (n=56) were matched approximately 1:1 by age, sex, follow-up duration, and geographical location with control FDRs remaining healthy (n=66). Stool metabolomics were assessed using the Metabolon’s DiscoveryHD4™ platform, and the stool microbiome characterized by 16s rDNA amplicon sequencing. A multivariable conditional logistic regression model was evaluated on the disease development as a function of individual stool metabolites. Spearman correlation evaluated the rank values between stool metabolites and the MRS. Results 122 healthy FDRs (median age 15 years, 60% female) were followed for a median 5.2 years. Among 1,029 stool metabolites that were analyzed, 79 were associated with future risk of CD (p<0.05); however, none remained significant after adjustment for false-discovery rate. Considering the exploratory nature of this study with limited sample size, we focused on the top seven metabolites associated with CD onset (p<0.01). Of these, two stool metabolites (dimethylglycine, methylmyristate) were associated with increased risk of CD onset while five (cytosine, guanine, cytidine, hydroxyglutarate, nervonate) were associated with decreased risk of CD development. The two metabolites positively associated with CD onset were also positively correlated with the MRS, while the five metabolites negatively associated with CD onset, were also negatively correlated with the MRS. Meanwhile, 24 stool metabolites had significant correlation with MRS (false-discovery rate-corrected p<0.2). Among those, a total of four stool metabolites (cytosine, guanine, methymyristate, cytidine) overlapped with the top seven stool metabolites associated with CD onset. Conclusion Changes in stool metabolite profiles may predict future risk of CD. A subset of these metabolites has significant correlation with the MRS with consistent direction of effect. This may suggest that these particular stool metabolites mediate the putative effects of the gut microbiome on CD risk. Further validation in the entire GEM cohort is warranted.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».