Analysis of non-coding RNAs in <i>Methylorubrum extorquens</i> reveals a novel small RNA specific to Methylobacteriaceae
Notice bibliographique
Résumé
Methylorubrum extorquens metabolizes methanol, a cheap raw material that can be derived from waste. It is a facultative methylotroph, making it a model organism to study the metabolism of one carbon compounds. Despite a considerable interest to exploit this bacteria as a biotechnological tool in a methanol-based bioeconomy, little is known about its non-coding sRNA. Small RNAs play well-documented essential roles in Escherichia coli for post-transcriptional regulation; and have important functions in many bacteria, including other Alphaproteobacteria like Agrobacterium tumefaciens. M. extorquens is expected to contain many sRNAs, especially since it also encodes for the protein Hfq, a chaperone protein important in the interaction between sRNAs and their target, but also critical for the stabilization of sRNAs themselves. Few sRNAs are annotated in the genome of this Alphaproteobacteria and they were never validated. In this study, formerly annotated sRNAs ffh, CC2171, BjrC1505 were confirmed by Northern blot, validating the expression of sRNAs in M. extorquens . Moreover, analysis of RNA-sequencing data established a considerable list of potential sRNAs. Interesting candidates selected after bioinformatic analysis were tested by Northern blot, revealing a novel sRNA specific to Methylobacteriaceae, sRNA Met2624. Its expression patterns and genomic context were analyzed. This research is the first experimental validation of sRNAs in M. extorquens and paves the way for other sRNA discoveries.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».