MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4207085673 · doi:10.1101/2022.01.24.22269144

Super-Resolution of Magnetic Resonance Images Acquired Under Clinical Protocols using Deep Attention-based Method

2022· preprint· en· W4207085673 sur OpenAlexfundno aff
Bryan M. Li, Leonardo V. Castorina, María Valdés Hernández, Úna Clancy, Stewart Wiseman, Eleni Sakka, Amos Storkey, Daniela Jaime García, Yajun Cheng, Fergus Doubal, Michael J. Thrippleton, Michael Stringer, Joanna M. Wardlaw

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueAdvanced Image Processing Techniques
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilUK Dementia Research InstituteChina Scholarship CouncilFondation LeducqUniversity of EdinburghStroke AssociationAlzheimer's SocietyWellcome TrustMrs Gladys Row Fogo Charitable TrustWeston Brain InstituteUK Research and InnovationEdinburgh and Lothians Health Foundation
Mots-clésInterpretabilityFluid-attenuated inversion recoveryArtificial intelligenceMagnetic resonance imagingNeuroimagingComputer scienceFeature (linguistics)Image qualityPattern recognition (psychology)Ground truthNuclear medicineComputer visionMedicineRadiologyImage (mathematics)

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A bstract Vast quantities of Magnetic Resonance Images (MRI) are routinely acquired in clinical practice but, to speed up acquisition, these scans are typically of a quality that is sufficient for clinical diagnosis but sub-optimal for large-scale precision medicine, computational diagnostics, and large-scale neuroimaging research. Here, we present a critic-guided framework to upsample low-resolution (often 2D) MRI scans. In addition, we incorporated feature-importance and self-attention methods into our model to improve the interpretability of this work. We evaluate our framework on paired low- and high-resolution brain MRI structural full scans (i.e. T1-, T2-weighted and FLAIR sequences are simultaneously input) obtained in clinical and research settings from scanners manufactured by Siemens, Phillips and GE. We showed that the upsampled MRIs are qualitatively faithful to the ground-truth high-quality scans ( PSNR = 35.39; MAE = 3.78 E −3; NMSE = 4.32 E −10; SSIM = 0.9852; mean normal-appearing grey/white matter ratio intensity differences ranging from 0.0363 to 0.0784 for FLAIR, from 0.0010 to 0.0138 for T1-weighted and from 0.0156 to 0.074 for T2-weighted sequences). The automatic raw segmentations of tissues and lesions using the super-resolved images have fewer false positives and higher accuracy than those obtained from interpolated images in protocols represented with more than three sets in the training sample, making our approach a strong candidate for practical application in clinical research.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,090
Tête enseignante GPT0,426
Écart entre enseignants0,337 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuemedRxivMême sujetAdvanced Image Processing TechniquesTravaux en français237 207