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Enregistrement W4210269486 · doi:10.1101/2022.02.04.22270486

Epigenetic clock acceleration is linked to age-at-onset of idiopathic and <i>LRRK2</i> Parkinson’s disease

2022· preprint· en· W4210269486 sur OpenAlexaff
Xuelin Tang, Paulina González-Latapí, Connie Marras, Naomi P. Visanji, Wanli Yang, Christine Sato, Anthony E. Lang, Ekaterina Rogaeva, Ming Zhang

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueParkinson's Disease Mechanisms and Treatments
Établissements canadiensOntario Brain InstituteUniversity of TorontoOccupational Cancer Research CentreToronto Western Hospital
Organismes subventionnairesAvid RadiopharmaceuticalsSanofi GenzymeAllerganGenentechH. Lundbeck A/SServierVoyager TherapeuticsJanssen PharmaceuticalsDenali TherapeuticsNeurocrine BiosciencesBiogenCelgeneVerily Life SciencesTeva Pharmaceutical IndustriesSanofiMeso Scale DiagnosticsAbbVieGlaxoSmithKlinePfizerEli Lilly and CompanyBristol-Myers SquibbMichael J. Fox Foundation for Parkinson's Research
Mots-clésdNaMCohortDiseaseAge of onsetMedicineBiomarkerParkinson's diseaseInternal medicinePediatricsOncologyDNA methylationBiologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Parkinson’s disease is a clinically and genetically heterogeneous movement disorder with highly variable age-at-onset. DNA methylation (DNAm) age is an epigenetic clock that could reflect biological aging. Studies of DNAm-age acceleration (difference between DNAm-age and chronological age) are pertinent to neurodegenerative diseases (e.g., Parkinson’s disease), for which aging is the strongest risk-factor. We assessed DNAm-age in idiopathic Parkinson’s disease (n=96) and a longitudinal LRRK2 cohort at four time-points over a 3-year period (n=220), including manifesting (n=91) and non-manifesting (n=129) G2019S-carriers. A highly variable age-at-onset was observed in both the idiopathic cohort (26-77 years) and manifesting G2019S-carriers (39-79 years). Increased DNAm-age acceleration was significantly associated with younger onset in idiopathic and LRRK2 -related Parkinson’s disease, suggesting that every 5-year increase in DNAm-age acceleration is linked to about 6-year earlier onset. At an individual level, DNAm-age acceleration remained steady over a 3-year period for most G2019S-carriers, indicating that it might serve as a stable biomarker of biological aging. Future studies should evaluate the stability of DNAm-age acceleration over longer time-periods, especially for phenoconverters from non-manifesting to manifesting subjects. In conclusion, DNAm-age acceleration is linked to disease onset, and could be used in disease-modifying clinical trials of prodromal Parkinson’s disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,034
Tête enseignante GPT0,292
Écart entre enseignants0,257 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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