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Enregistrement W4210309754 · doi:10.1101/2022.01.30.22269378

Human germline biallelic complete NFAT1 deficiency causes the triad of progressive joint contractures, osteochondromas, and susceptibility to B cell malignancy

2022· preprint· en· W4210309754 sur OpenAlexafffund
Mehul Sharma, Maggie P. Fu, Henry Y. Lu, Ashish Sharma, Bhavi P. Modi, Christina Michalski, Susan Lin, Joshua Dalmann, Areesha Salman, Kate L. Del Bel, Meriam A. Waqas, Jefferson Terry, Audi Setiadi, Pascal M. Lavoie, Wyeth W. Wasserman, Jill Mwenifumbo, Michael S. Kobor, Anna F. Lee, Anna Lehman, Sylvia Cheng, Anthony Cooper, Millan S. Patel, Stuart E. Turvey

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSignaling Pathways in Disease
Établissements canadiensPacific Centre for Reproductive MedicineGenome British ColumbiaBC Children's HospitalUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchKillam TrustsGenome British ColumbiaBC Children's HospitalChildren's Hospital Foundation
Mots-clésCalcineurinGermlineNFATCancer researchBiologyTranscription factorCell biologyGeneMedicineGeneticsInternal medicineTransplantation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Discovery of humans with monogenic disorders has a rich history of generating new insights into biology. Here we report the first human identified with complete deficiency of nuclear factor of activated T cells 1 (NFAT1). NFAT1, encoded by NFATC2 , mediates calcium-calcineurin signals that drive cell activation, proliferation, and survival. The patient is homozygous for a damaging germline NFATC2 variant (c.2023_2026delTACC; p.Tyr675Thrfs*18) and presented with joint contractures, osteochondromas, and B cell lymphoma. Absence of NFAT1 protein in chondrocytes caused enrichment in pro-survival and inflammatory genes. Systematic single-cell-omic analyses revealed an environment that promotes lymphomagenesis with accumulation of naïve B cells (with oncogenic signatures - MYC , JAK1 ), exhausted CD4 + T cells, impaired T follicular helper cells, and aberrant CD8 + T cells. This work highlights the pleiotropic role of human NFAT1, will empower the diagnosis of additional patients with NFAT1 deficiency, and further define detrimental effects a long-term use of calcineurin inhibitors.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,091
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,035
Tête enseignante GPT0,293
Écart entre enseignants0,258 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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