EGFR Point of Care Clinical Testing using Idylla Platform Decreases Laboratory Turnaround Time in Advanced Stage Non-Small Cell Lung Cancer, as Compared to New Generation Sequencing
Notice bibliographique
Résumé
"Background: Patients with advanced-stage non-small cell lung cancer (NSCLC) benefit from a short time-to-treatment (TTT) due to disease severity. Patients at BC Cancer with NSCLC undergo OncoPanel testing, a next-generation sequencing assay, for potential oncogenic drivers prior to treatment as outlined by CAP-AMP-IASLC guidelines. Genetic testing via OncoPanel takes more than two weeks and commonly contributes to an increased TTT. The novel ultra-rapid Idylla EGFR testing platform may decrease TTT in patients who are EGFR mutation positive (M+) due to the mutual exclusivity of actionable mutations. This study evaluates the lab turnaround time (TAT) of the Idylla EGFR testing platform and compares it to that of the OncoPanel. Methods: A group of patients (N = 235) with stage IIIB or stage IV lung adenocarcinoma diagnosed between November 1, 2020 and May 1, 2021 had both OncoPanel and Idylla EGFR testing. The time at which the sample was received in the lab, the time of Idylla EGFR test reporting, and the time of OncoPanel reporting were recorded for each patient. Differences in the lab TAT between the OncoPanel and Idylla EGFR test were compared using a paired t-test within the cohort. Results: The mean lab TAT for the Idylla and OncoPanel tests were 3.4 days (Range: 0-8 days) and 15.8 days (Range: 12-31 days), respectively. It was observed that the lab TAT of the Idylla EGFR test was faster by an average of 12.4 days (Range: 6-29 days, p<0.01, 95% CI: [11.9, 12.8] days) than the OncoPanel TAT (N=235). Conclusions: The lab TAT of the Idylla EGFR test is significantly shorter than of OncoPanel testing. In patients who are EGFR M+, molecular testing could be completed considerably faster using the Idylla EGFR testing platform since further genetic testing is unlikely to yield additional actionable information. Using the Idylla EGFR test as part of a reflexive molecular testing repertoire in advanced-stage NSCLC patients could thus reduce patient TTT."
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».