MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4210412949 · doi:10.1016/j.gim.2022.01.001

Standards for the classification of pathogenicity of somatic variants in cancer (oncogenicity): Joint recommendations of Clinical Genome Resource (ClinGen), Cancer Genomics Consortium (CGC), and Variant Interpretation for Cancer Consortium (VICC)

2022· article· en· W4210412949 sur OpenAlexaff
Peter Horak, Malachi Griffith, Arpad Danos, Beth A. Pitel, Subha Madhavan, Xue‐Lu Liu, Cynthia Chow, Heather Williams, Leigh Carmody, Lisa Barrow-Laing, Damian Rieke, Simon Kreutzfeldt, Albrecht Stenzinger, David Tamborero, Manuela Benary, Padma Sheila Rajagopal, Cristiane M. Ida, Harry Lesmana, Laveniya Satgunaseelan, Jason D. Merker, Michael Tolstorukov, Paulo Vidal Campregher, Jeremy L. Warner, Shruti Rao, Maya Natesan, Haolin Shen, Jeffrey M. Venstrom, Somak Roy, Kayoko Tao, Rashmi Kanagal‐Shamanna, Xinjie Xu, Deborah Ritter, Kym Pagel, Kilannin Krysiak, Adrian M. Dubuc, Yassmine Akkari, Xuan Shirley Li, Jennifer Lee, Ian King, Gordana Raca, Alex H. Wagner, Marylin M. Li, Sharon E. Plon, Shashikant Kulkarni, Obi L. Griffith, Debyani Chakravarty, Dmitriy Sonkin

Notice bibliographique

RevueGenetics in Medicine · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensUniversity Health NetworkBC Cancer Agency
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteNational Center for Advancing Translational SciencesNational Human Genome Research InstituteNational Institutes of Health
Mots-clésSomatic cellComputational biologyGenomicsGermlineCancerGenomeBiologyGeneticsBioinformaticsMedicineGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,203
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,267
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,203
Score d'incertitude au seuil0,983

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,2030,267
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,004
Méta-épidémiologie (sens large)0,0060,013
Bibliométrie0,0200,015
Études des sciences et des technologies0,0070,009
Communication savante0,0100,003
Science ouverte0,0310,010
Intégrité de la recherche0,0250,030
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,006

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,066
Tête enseignante GPT0,387
Écart entre enseignants0,321 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations239
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentnon

Explorer davantage

Même revueGenetics in MedicineMême sujetCancer Genomics and DiagnosticsTravaux en français237 207