Differences in gene expression and endophytic bacterial diversity in <i>Atractylodes macrocephala</i> Koidz. rhizomes from different growth years
Notice bibliographique
Résumé
Atractylodes macrocephala Koidz. (AMK) is widely used in traditional Chinese medicine owing to its pharmacological activity. Here, we aimed to characterize the differentially expressed genes (DEGs) of one- and three-year growth (OYG and TYG) rhizomes of AMK, combined with endophytic bacterial diversity analysis using high-throughput RNA sequencing. A total of 114 572 unigenes were annotated using six public databases. In all, 3570 DEGs revealed a clear difference, of which 936 and 2634 genes were upregulated and downregulated, respectively. The results of KEGG pathway analysis indicated that DEGs corresponding to terpenoid synthesis gene were downregulated in TYG rhizomes. In addition, 414 424 sequences corresponding to the 16S rRNA gene were divided into 1267 operational taxonomic units (OTUs). Moreover, the diversity of endophytic bacteria changed with species in the OYG (773) and TYG (1201) rhizomes at the OTU level, and Proteobacteria, Actinobacteria, and Bacteroidetes were the dominant phyla. A comparison of species differences among different growth years revealed that some species were significantly different, such as Actinomycetes, Variovorax, and Cloacibacterium. Interestingly, the decrease in the function-related metabolism of terpenoids and polyketides was correlated with the low expression of terpene synthesis genes in TYG rhizomes, as assessed using PICRUSt2. These data provide a scientific basis for elucidating the mechanisms underlying metabolite accumulation and endophytic bacterial diversity in relation to the growth years in AMK.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».