The role of prisons in disseminating tuberculosis in Brazil: A genomic epidemiology study
Notice bibliographique
Résumé
Globally, prisons are high-incidence settings for tuberculosis. Yet the role of prisons as reservoirs of M. tuberculosis, propagating epidemics through spillover to surrounding communities, has been difficult to measure directly. To quantify the role of prisons in driving wider community M. tuberculosis transmission, we conducted prospective genomic surveillance in Central West Brazil from 2014 to 2019. We whole genome sequenced 1152 M. tuberculosis isolates collected during active and passive surveillance inside and outside prisons and linked genomes to detailed incarceration histories. We applied multiple phylogenetic and genomic clustering approaches and inferred timed transmission trees. M. tuberculosis sequences from incarcerated and non-incarcerated people were closely related in a maximum likelihood phylogeny. The majority (70.8%; 46/65) of genomic clusters including people with no incarceration history also included individuals with a recent history of incarceration. Among cases in individuals with no incarceration history, 50.6% (162/320) were in clusters that included individuals with recent incarceration history, suggesting that transmission chains often span prisons and communities. We identified a minimum of 18 highly probable spillover events, M. tuberculosis transmission from people with a recent incarceration history to people with no prior history of incarceration, occurring in the state's four largest cities and across sampling years. We additionally found that frequent transfers of people between the state's prisons creates a highly connected prison network that likely disseminates M. tuberculosis across the state. We developed a framework for measuring spillover from high-incidence environments to surrounding communities by integrating genomic and spatial information. Our findings indicate that, in this setting, prisons serve not only as disease reservoirs, but also disseminate M. tuberculosis across highly connected prison networks, both amplifying and propagating M. tuberculosis risk in surrounding communities. Brazil's National Council for Scientific and Technological Development and US National Institutes of Health.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».