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Enregistrement W4210959231 · doi:10.1128/9781555819194.ch27

Molecular Mechanisms of Phagosome Formation

2017· book-chapter· en· W4210959231 sur OpenAlexaff
Valentin Jaumouillé, Sergio Grinstein

Notice bibliographique

RevueASM Press eBooks · 2017
Typebook-chapter
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiquePhagocytosis and Immune Regulation
Établissements canadiensHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPhagosomePhagocytosisCell biologyPinocytosisEndocytosisBiologyReceptorActin cytoskeletonCell surface receptorVacuoleCytoskeletonChemistryCytoplasmBiochemistryCell

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Phagocytosis culminates with the entrapment of the target particles within large vacuoles called phagosomes. Because of the multiplicity of phagocytic receptors, it is becoming apparent that a variety of different signaling cascades can be activated during the process. However, several aspects of phagocytosis appear to be conserved, distinguishing it from other mechanisms of cellular uptake such as endocytosis and macropinocytosis. First, phagocytosis can accommodate a wide variety of particle sizes, from hundreds of nanometers to tens of micrometers (1, 2), as well as complex particle morphologies (3, 4). Second, phagocytosis requires the progressive engagement of phagocyte surface receptors around the entire particle (5). This ratchet mechanism has been described as the “zipper” model, which contrasts with the limited number of independent receptors that need to be activated by soluble ligands to trigger macropinocytosis (6). Third, phagocytosis is an active mechanism that involves local remodeling of the actin cytoskeleton, which drives the deformation of the plasma membrane and the progression of the receptor/ligand “ratchet” around the particle (7 – 10). In addition, as the actin cytoskeleton is tightly associated with the plasma membrane, signaling mediated by phospholipids appears to be a common feature of phagocytosis. Phosphoinositides in particular play a critical role, as phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K) is seemingly involved in virtually all known phagocytic systems (11 – 14). These different features impose a temporal progression of the phagosome formation, which can be described by the following sequence of events: (i) binding of the ligand to surface receptors; (ii) activation of receptor-mediated signaling cascades; (iii) remodeling of the actin cytoskeleton; (iv) progressive engagement of additional receptors around the particle; and (v) membrane fusion, leading to the closure of the phagosome (Fig. 1). Yet despite these conserved traits, one cannot fully appreciate the molecular mechanisms involved in phagosome formation without taking into account the diversity of phagocytic receptors and the variety of signaling cascades they induce individually and cooperatively. Thus, here, we chose to focus on some of the best-characterized receptors and signaling pathways in order to give an overview of the many roads that lead to phagosome formation, whereas phagosome maturation and subsequent responses will be described elsewhere.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,016

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0030,002
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0030,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,005

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,242
Écart entre enseignants0,214 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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