Structural characterization of missense mutation identified in BRCA2 using comparative biophysical and dynamics studies
Notice bibliographique
Résumé
Breast cancer type 2 susceptibility (BRCA2) protein plays an essential role in the repair of DNA double-strand breaks and interstrand cross-links by Homologous recombination [1].Germ-line mutations in BRCA2 confer an increased risk of hereditary breast and ovarian cancer [2].A large number of missense mutations have been identified in the DNA binding carboxy-terminal domain of BRCA2 which is also known to interact with FANCD2 [3].However, majority of these missense mutations are classified as variants of 'Uncertain Significance' due to lack of structural, functional, and clinical studies.Accurate and reliable methods to predict the pathogenicity of variants are utmost required for better clinical management of the disease.Here we present a multi-disciplinary approach to characterize a missense mutation identified in the C-terminal domain of BRCA2.Different functional domains of the wild-type and mutant BRCA2 protein were cloned and the proteins were expressed and purified in bacterial system.Circulardichroism and Fluorescence spectroscopic techniques were employed to evaluate the differences between secondary and tertiary structures of wild-type and mutant protein.Molecular Dynamics Simulation was further utilized to measure the effect of mutations on the structural conformation of the protein.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».