MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4211063028 · doi:10.1038/s41467-022-28473-8

Single-cell RNA sequencing reveals time- and sex-specific responses of mouse spinal cord microglia to peripheral nerve injury and links ApoE to chronic pain

2022· article· en· W4211063028 sur OpenAlexafffund
Shannon Tansley, Sonali Uttam, Alba Ureña Guzmán, Moein Yaqubi, Alain Pacis, Marc Parisien, Haley Deamond, Calvin Wong, Oded Rabau, Nicole Brown, Lisbet Haglund, Jean Ouellet, Carlo Santaguida, Alfredo Ribeiro‐da‐Silva, Soroush Tahmasebi, Masha Prager‐Khoutorsky, Jiannis Ragoussis, Ji Zhang, Michael W. Salter, Luda Diatchenko, Luke M. Healy, Jeffrey S. Mogil, Arkady Khoutorsky

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueNeuroinflammation and Neurodegeneration Mechanisms
Établissements canadiensMcGill University Health CentreSickKids FoundationMontreal Neurological Institute and HospitalUniversity of TorontoHospital for Sick ChildrenMcGill Genome CentreMcGill University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaMcGill UniversityCanada Excellence Research Chairs, Government of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchMitacsGenome CanadaConsejo Nacional de Ciencia y TecnologíaGovernment of Canada
Mots-clésMicrogliaSpinal cordPeripheral nerve injuryMedicineChronic painNerve injurySpinal cord injuryApolipoprotein ENeuroscienceImmunologyInflammationBiologyPathologyPeripheral nerveDiseaseAnesthesiaAnatomy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Activation of microglia in the spinal cord following peripheral nerve injury is critical for the development of long-lasting pain hypersensitivity. However, it remains unclear whether distinct microglia subpopulations or states contribute to different stages of pain development and maintenance. Using single-cell RNA-sequencing, we show that peripheral nerve injury induces the generation of a male-specific inflammatory microglia subtype, and demonstrate increased proliferation of microglia in male as compared to female mice. We also show time- and sex-specific transcriptional changes in different microglial subpopulations following peripheral nerve injury. Apolipoprotein E (Apoe) is the top upregulated gene in spinal cord microglia at chronic time points after peripheral nerve injury in mice. Furthermore, polymorphisms in the APOE gene in humans are associated with chronic pain. Single-cell RNA sequencing analysis of human spinal cord microglia reveals a subpopulation with a disease-related transcriptional signature. Our data provide a detailed analysis of transcriptional states of mouse and human spinal cord microglia, and identify a link between ApoE and chronic pain in humans.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,048
Tête enseignante GPT0,298
Écart entre enseignants0,250 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations173
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueNature CommunicationsMême sujetNeuroinflammation and Neurodegeneration MechanismsTravaux en français237 207