Amplicon-based and metagenomic approaches provide insights into toxigenic potential in understudied Atlantic Canadian lakes
Notice bibliographique
Résumé
Cyanobacterial blooms and their toxigenic potential threaten freshwater resources worldwide. In Atlantic Canada, despite an increase of cyanobacterial blooms in the last decade, little is known about the toxigenic potential and the taxonomic affiliation of bloom-forming cyanobacteria. In this study, we employed polymerase chain reaction (PCR) and metagenomic approaches to assess the potential for cyanotoxin and other bioactive metabolite production in Harvey Lake (oligotrophic) and Washademoak Lake (mesotrophic) in New Brunswick, Canada, during summer and early fall months. The PCR survey detected the potential for microcystin (hepatotoxin) and anatoxin-a (neurotoxin) production in both lakes, despite a cyanobacterial bloom only being visible in Washademoak. Genus-specific PCR associated microcystin production potential with the presence of Microcystis in both lakes. The metagenomic strategy provided insight into temporal variations in the microbial communities of both lakes. It also permitted the recovery of a near-complete Microcystis aeruginosa genome with the genetic complement to produce microcystin and other bioactive metabolites such as piricyclamide, micropeptin/cyanopeptolin, and aeruginosin. Our approaches demonstrate the potential for production of a diverse complement of bioactive compounds and establish important baseline data for future studies of understudied lakes, which are frequently affected by cyanobacterial blooms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».